Di proprietà della Diocesi di Bergamo, il Museo è stato inaugurato nel 2000. Le sue raccolte sono costituite da opere in gran parte di carattere devozionale provenienti dal territorio della Diocesi di Bergamo (secc. XVI – XIX). Il Museo è dotato di una biblioteca e di una fototeca specializzate in storia dell’arte, entrambe aperte al pubblico.
Oltre alle numerose mostre di arte antica il Museo ha organizzato iniziative di arte contemporanea negli spazi – recentemente recuperati – dell’ex Oratorio settecentesco di San Lupo, che si affaccia sull’attuale via San Tomaso.